单细胞测序教程资源聚合

教程

转录组学

1. 单细胞测序-最佳的分析Pipeline 单细胞测序-最佳的分析Pipeline ：Zehua Zeng等为主要作者，包括详细的原理和处理流程（Python）；其中重点介绍了Omicverse的使用；
2. 哈佛大学单细胞中文笔记：哈佛大学单细胞中文笔记 陈同博士撰写。主要包括原理和Seurat的使用。原版教程；
3. RNA-SEQ BLOG：最新的RNA测序资讯：RNA-Seq Blog

资源

肿瘤生信

1. GEPIA2：GEPIA2是一个无代码可视化平台，其数据来源于TCGA和GTEx数据库，用户可以自由探索指定基因的在肿瘤组织中的表达情况以及和预后的关系。GEPIA2
2. Prognoscan：Prognoscan整合了2010年以前GEO上Microarray和相应临床信息，可以探索制定基因自不同数据集中和预后的关系。PrognoScan
3. TIMER：TIMER用于分析不同癌症类型的免疫浸润（数据来自于TCGA）。TIMER2.0

GWAS

1. IEU OPEN GWAS：包含42,484 个GWAS摘要数据集的214,725,223,303 个遗传关联的数据库。IEU OpenGWAS
2. PheWeb：包含Biobank Japan，以及UKB等欧洲样本的GWAS结果。PheWeb
3. GWAS catalog：内容较全，网页比较慢，建议使用特殊方式访问。GWAS catalog:
4. EGG：早期生长联盟数据，包含出生体重，出生头围等。EGG
5. CKDGEN：包含慢性肾病、MA、eGFR等。CKDGEN
6. GLGC：血脂GWAS数据库。GLGC
7. PGC：精神病学基因组学联盟。PGC
8. GEFOS：骨质疏松联盟。GEFOS
9. DIAGRAM：二型糖尿病数据库。DIAGRAM:
10. 代谢组学数据库：A Table of all published GWAS with metabolomics